כבר מהשם של השיטה אפשר להבין שמדובר בהפך משיטת "בודדים ברורים". השיטה נחשבת לבסיסית, אך היא מבוססת גם היא על טכניקת ההערות. חשוב לזכור: ספרת מועמד נחשבת ל"בודדת מוסתרת" כאשר היא מופיעה רק פעם אחת בריבוע 3×3, בשורה או בעמודה.
נסתכל על הריבוע השמאלי העליון, שבו כבר מולאות מספר ספרות. אנו יודעים בוודאות איפה נמצאות הספרות 6, 4, 5 ו-1. בשלב הבא יש לנו תאים עם הערות שונות, שצריך לבדוק בזהירות. נבחן את השורה התחתונה של הריבוע — התא השמאלי מכיל את הספרה 8, שלא מופיעה באף מקום אחר בריבוע, בשורה או בעמודה. לכן הספרה 8 היא "בודדת מוסתרת", ואפשר לרשום אותה בביטחון בתא.
שיטת "בודדים מוסתרים" נחשבת בסיסית, אך שימושית מאוד במיוחד כשפותרים סודוקו ברמה קשה.