השיטה פועלת לפי אותו עיקרון של "זוגות נסתרים", אך מורכבת מעט יותר. משתמשים בה כאשר שלושה תאים באותה שורה, עמודה או בלוק מכילים הערות עם שלוש ספרות זהות.
המטרה היא למחוק מהתאים האלה את כל שאר הספרות ולשמור רק את השלוש הרלוונטיות. אם הצלחתם לזהות שלושה תאים כאלה — הספרות שחוזרות בהן הופכות למועמדות העיקריות. כל שאר הספרות — מוסרות.
נראה איך זה עובד בדוגמה: בבלוק 3×3 יש תאים שמכילים הערות שונות. לאחר ניתוח, רואים שבשלושה תאים חוזרות בדיוק שלוש ספרות — 2, 3 ו-4 — ושבשאר התאים בבלוק ספרות אלו אינן מופיעות. לכן, ברור שאחת מהספרות הללו תופיע בכל אחד מהתאים — וזו "שלשה נסתרת". כעת מוחקים את כל שאר הספרות באותם שלושה תאים ומשאירים רק את 2, 3 ו-4.
"שלשות נסתרות" היא טכניקה מתקדמת שמסייעת להסיר ספרות מיותרות ולצמצם אפשרויות בצורה חכמה. לרוב משתמשים בה שחקנים מנוסים בעת פתרון סודוקו ברמה קשה.