השיטה של "זוגות נסתרים" מבוססת על אותו עיקרון כמו "בודדים נסתרים", אך היא מעט מורכבת יותר ליישום. הטכניקה הזו דורשת ניתוח של ההערות שבתאים.
הכלל המרכזי: אם בשורה, בעמודה או בבלוק 3×3 מופיעים שני תאים עם הערות, ובהן רשומות שתי ספרות שאינן מופיעות כתזכורת בתאים אחרים – אפשר להחשיב את השתיים האלה כזוג נסתר. כל שאר המועמדים בתאים הללו נמחקים.
כדי להמחיש את הרעיון, נבחן דוגמה מתוך בלוק 3×3. אם מסתכלים בעיון בהערות, רואים שהספרות 3 ו־8 מופיעות בדיוק פעמיים ואינן מופיעות באף תא אחר. לכן – זהו זוג נסתר! מוחקים את כל שאר ההערות באותם שני תאים ומשאירים רק את 3 ו־8.
שיטת "זוגות נסתרים" נחשבת מתקדמת, ומשתמשים בה שחקנים מנוסים בעת פתרון סודוקו ברמות קשות. כל מה שנותר לכם זה ללמוד ליישם את השיטה – וכך תצליחו לפתור סודוקו מכל רמת קושי!